Najczęściej prętnik karłowaty to zdrowa rybka. Niestety mogą wystąpić choroby u prętnika karłowatego. Aby ich uniknąć trzeba zadbać o odpowiednie warunki życia. Mowa tu w pierwszej kolejności o odpowiednich rozmiarach akwarium. Należy zadbać oprócz właściwej pojemności i długości, o temperaturę, pH i twardość wody. W ten sposób unikniemy kłopotów. Należy też pamiętać o właściwym pożywieniu. Kolejną rzeczą jest prawidłowe napowietrzenie, dużo roślin, poprawna filtracja oraz brak silnych prądów. Pamiętajmy też o kryjówce, np. w postaci przestrzennej ozdoby.