Hipopotam karłowaty jest ssakiem pół-wodnym. Mierzy około 1,4-1,6 m, długość ogona to 15 cm, a waży 245-275 kg. Jego skóra jest gruba, gładka, bezwłosa i ciemnobrązowa lub czarna. Korpus jest w kształcie beczki, ma szeroką głowę i duże usta. Jego nogi są krótkie i ma krępe, a na każdej stopie są cztery palce. Jego palce są rozłożone i ma ostre paznokcie, ale brakuje im płetwy. Ma małe uszy i duże nozdrza, okrągłe, kiedy zanurza się w wodzie jest w stanie zamknąć nozdrza i uszy, aby się nie wynurzać. Aby zapobiec pękaniu skóry musi być regularnie zwilżany w wodzie lub błocie i ma specjalne gruczoły, produkujące śluz skóry. Gruczoły te wydzielają różowy płyn, znany jako krwi pot, który pomaga zachować wilgotną skórę i zapobiega zakażeniu i oparzeniom słonecznym.